Natsume diserang oleh youkai saat mengambil bola di sekolah. Dalam ketergesaannya untuk melarikan diri, ia akhirnya merusak segel youkai, sama seperti saat ia bertemu Nyanko-sensei. Malam harinya, Natsume menemukan orang yang mirip Nyanko-sensei, tetapi kemudian ia mencuri Kitab Persahabatan! Saat Natsume dan Nyanko-sensei mencari kucing hitam itu, mereka menemukan perkumpulan youkai. Para youkai berencana untuk menyerang manusia demi menyegel tuan mereka – kucing hitam yang dicari Natsume. Dengan bantuan Nyanko-sensei, Natsume mengembalikan nama tuan itu dan melihat sekilas kenangan indah dan pahit manisnya hidup di antara manusia.
